ZigZag
ИМХО по Вашей проблеме...
В полости образованной между обивкой потолка и металлом крыши скапливается валага. Как результат - на поверхности обивки потолка образуется плесень или грибок. Источниками влаги могут быть нерегулярное проветривание салона, негерметичность крепления антены на крыше (крпеление пластиковое и в месте крепления может быть надлом и в образовавшуюся щель попададет влага) или уплотнителя лобового стекла.
Механизм простой - влага попадает в полость потолка крыши во время дождя или на мойке. Т.к. данная полость непроветривается дополнительно, то высыхание конденсата может длиться очень продолжительное время, что является отличной средой для образования всяких био-крокозябров и мелкой ржи.
ИМХО - Методы борьбы для поиска источника влаги:
0) забить!
1) для ленивых - поехать к дилеру и пытаться доказать что Вы не верблюд!
2) для менее ленивых - вытащить салонный плафон, и посмотреть с зеркальцем и фонариком в полость между обивкой потолка и крышей, закрыть плафон назад и пожав плечами поругать автофрамос и чиркнуть на форум про плохой логан и нерешаемую проблему.
3) для в меру ленивых - снять обивку потолка и найти источник влаги. Для этого достаточно снять боковые уплотнители дверей и открутить торксами крепления солнцезащитных козырьков и потолочных ручек.
4) для истинных Логановодов - к перечисленному в пункте 3, найти источник влаги (скорее всего как уже сказал выше - это крепление антены или уплотнитель стекла), пролечить либо заменой крепления антены (есть в логан-шопе
www.logan-shop.ru) либо герметиком по уплотнителю стекла, просушить и собрать всё назад
5) для Фанов - всё перечисленное в пункте 4 плюс шумоизоляция (раз уж разобрали

) помывка старой обивки спецсредством из автокосметички, в случае неудачи

- замена пятнистой обивки на новую или покраска старой из балончика...
ИМХО лично я придерживался бы пункта 4.
В хорошую погоду и запасшись новым креплением антены, разобрал бы всё аккуратно и провёл бы ревизию этой полости. Не надо боятся что-то сломать и ненадо бояться кары дилера. Если под обивкой потолка окажется что-то невероятное

- например, огромный очаг коррозии во всю крышу, то по крайней мере Вы узнаете об этом первым

...